Em meu sentir, seguindo a jurisprudência, o juiz pode reconhecer agravantes sem estar adstrito ao libelo penal instaurado pelo Ministério Público.

Vejamos.

"PENAL. PROCESSUAL PENAL. PEDIDO DE ABSOLVIÇÃO DO MINISTÉRIO PÚBLICO EM ALEGAÇÕES FINAIS. NÃO VINCULAÇÃO DO JUIZ. ART. 385 DO CÓDIGO DE PROCESSO PENAL. ROUBO DUPLAMENTE CIRCUNSTANCIADO. PORTE DE ARMA. PROVAS. CONDENAÇÃO. PENA. O pedido de absolvição feito pelo Ministério Público não vincula o magistrado, podendo este, mesmo assim, nos termos do artigo 385 do CPP, em plena vigência e compatível com a Carta Magna, proferir sentença condenatória, pautada na sua íntima convicção sobre o mérito da causa e no princípio da indisponibilidade, por meio do qual prevalece o interesse público na persecução penal nos crimes de ação penal pública. O conjunto probatório ampara a condenação dos corréus pelo crime de roubo duplamente circunstanciado. A jurisprudência e a doutrina admitem que, quando houver mais de uma causa de aumento de pena, é possível ao Juiz utilizar uma como circunstância judicial desfavorável para majorar a pena-base e outra como majorante na terceira fase da dosimetria da pena. Se não há indícios de que a aquisição da arma de fogo se deu em momento anterior e com a finalidade diversa da prática do roubo e o porte de arma ocorreu nas mesmas condições do crime mais grave (roubo), deve ser por ele absorvido. Apelações do Ministério Público e do réu Lindomar desprovidas. Parcialmente provida a apelação do réu Jonathan, para absolvê-lo do crime de porte de arma".

(TJ-DF 20130910070517 DF 0006662-30.2013.8.07.0009, Relator: MARIO MACHADO, Data de Julgamento: 25/06/2014, 1ª TURMA CRIMINAL, Data de Publicação: Publicado no DJE : 09/07/2014 . Pág.: 115)